ม.3 ปี 4 เรารักนาย เป็นเรื่องราวของ ธีร์ และ นัท หนุ่มน้อยสองพี่น้อง ใช้ชีวิตอยู่บนคอนโดหรูใจกลางเมืองกรุงเทพฯ นัท อยู่ชั้น ม. 3 เป็นคนร่าเริง มีโลกส่วนตัวสูง มักใช้เวลาว่าง MSN กับเพื่อน ๆ โดยเฉพาะเพื่อนผู้หญิงที่ภูเก็ต ซึ่งคุย MSN กันมาตั้งแต่อยู่ ม.1 โดยไม่เคยพบกันเลย ส่วนธีร์เป็นนักศึกษา ทันตแพทย์ปี 4 หนุ่มเจ้าเสน่ห์ผู้ที่ทั้งชีวิตมีแต่ผู้หญิงวิ่งเข้าหา จนตัวเองรู้สึกว่า ความรัก ก็คงมีอยู่แค่นี้ กระทั่งวันหนึ่ง ธีร์เห็นสาวสวยคนหนึ่งกำลังเปลี่ยนยางรถกระบะคันเก่า ๆ โดยไม่มีใครช่วย อยู่คนละฟากถนน จึงรู้ว่า นี่แหละ ซูเปอร์เกิร์ล คนที่เขาค้นหามาชั่วชีวิต
จูน และ แจน พี่น้องสองสาวใช้ชีวิตอย่างอบอุ่นอยู่กับ แม่ ในตึกแถวที่เปิดเป็นร้านขายติ่มซำในภูเก็ต จูนเรียนมหาวิทยาลัยปี 4 บุคลิกเป็นสาวห้าวและมีความเป็นผู้นำ คิดเสมอว่าต้องดูแลแม่ และแจน แทนพ่อที่เสียชีวิตไป ส่วนแจนเป็นสาวน้อยแรกแย้ม เรียนชั้น ม.3 สดใส ร่าเริง มองโลกในแง่ดี เนื่องจากเติบโตขึ้นมาท่ามกลางความรักของแม่ และพี่สาวที่ดูแลเธอดุจไข่ในหิน กิจกรรมที่แจนชอบมากที่สุดคือการ MSN คุยกับเพื่อน
ชีวิตที่เรียบง่ายของ จูน และ แจน ในเมืองภูเก็ต ต้องเปลี่ยนไป เมื่อวันหนึ่ง นัท เพื่อนสนิททาง MSN ของแจนที่คุย MSN กันมาตั้งนานแต่ไม่เคยได้เจอกัน แอบจู่โจมมาปรากฎตัวที่หน้าบ้านของแจน โดยไม่บอกกล่าวล่วงหน้า จนทำให้ธีร์ร้อนใจว่านัทจะโดนหลอก เลยตัดสินใจบินมาที่ภูเก็ต เพื่อรับตัวนัทกลับกรุงเทพฯ ทำให้เขาได้พบกับจูน ผู้หญิงที่เขามองเห็นไกล ๆ ในอีกฟากถนน และเฝ้าเพ้อหาเธอมาตลอด แต่การได้มาพบจูนในครั้งนี้ เขากลายเป็นคนที่ดูแย่สุด ๆ ในสายตาของจูน ซ้ำเขายังเป็นต้นเหตุให้เกิดรอยร้าวฉานขึ้นระหว่างนัทกับแจน
ธีร์จะแก้ไขสถานการณ์ทั้งหมดอย่างไร ในเมื่อเขามีหน้าที่ต้องเข้าเวรดูแล ป้าแหม่ม คนไข้ในความดูแลของแพทย์ฝึกหัดอย่างเขาทุกเช้าที่กรุงเทพฯ ซึ่งในต่อมา ป้าแหม่มได้กลายเป็นโค้ชความรักให้กับธีร์ แล้วระยะห่างระหว่าง กรุงเทพฯ-ภูเก็ต จะขวางกั้นรักแรกของเขาได้สำเร็จไหม?
